Хозяйке на заметку

Несколько полезных ссылок - напочитать.
http://dtrace.org/blogs/brendan/ - много полезного про исследования производительности систем
http://www.cyberciti.biz/tips/top-linux-monitoring-tools.html - шпаргалка по базовым утилитам
http://www.markleith.co.uk/ очень полезный блог по MySQL оптимизации
http://www.percona.tv/mysql-conference/using-mysql-5-5-performance-schema использование perfomance schema в MySQL

Мониторинг системы

Пара полезных статей с описанием утилит для мониторинга загрузки системы: http://habrahabr.ru/post/140010/ http://habrahabr.ru/post/114082/ Если в кратце:
atop 2 - отличня замена стандартному top  
iftop - смотреть сетевую активность
htop - удобно мониторит процессы и память, удобно отстреливать процессы
vmstat - информация о потреблении памяти, дисковой активности и загрузке процессора. По сравнению с другими утилитами из списка - довольно убогая :-)
iotop - показывает дисковую активность и ничего кроме этого. Зато это единственное она делает отлично :-)
mctop - мониторинг состояния memcached, более подробно тут - http://habrahabr.ru/post/58198/  
nethogs - мониторинг сетевой активности, интересная игрушка :-)
Кроме того есть много интересных утилит для мониторинга в состеве percona-tools - но это уже отдельная тема